2019年7月11日至8月11日，中央第一生态环境保护督察组对上海市开展了第二轮第一批中央生态环境保护督察，针对污水排江问题统筹安排了专项督察。2020年5月12日向上海市正式反馈了督察意见。上海市委、市政府高度重视，市委常委会多次专题研究整改工作安排，成立由市委书记任组长、市长任常务副组长、相关市领导任副组长的生态文明建设领导小组，承担生态环境保护督察工作领导小组职能，及时制定上报《上海市贯彻落实中央生态环境保护督察反馈意见整改方案》（以下简称《整改方案》），明确了工作目标和整改措施。市委、市政府主要领导明确要求，坚决贯彻落实党中央、国务院决策部署，切实推进生态文明建设和生态环境保护工作，全力以赴、不折不扣抓好中央生态环境保护督察反馈意见整改工作。
《整改方案》要求，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻党的十九大和十九届二中、三中、四中全会精神，全面贯彻习近平生态文明思想和习近平总书记考察上海重要讲话精神，按照全国生态环境保护大会要求，牢固树立“绿水青山就是金山银山”和“人民城市人民建、人民城市为人民”重要理念，紧紧围绕建设“五个中心”和具有世界影响力的社会主义现代化国际大都市，把抓好中央生态环境保护督察整改作为重要契机和强大动力，从严压实生态文明建设的政治责任，加快推进生态环境治理体系和治理能力现代化，突出精准治污、科学治污、依法治污，坚决打赢打好污染防治攻坚战，持续改善生态环境质量，支持服务“六稳”“六保”，有力推动高质量发展，不断增强人民群众的幸福感、获得感和满意度。《整改方案》明确，督察反馈意见要全面整改到位，到2020年底完成督察问题整改11项，2024年底前全部完成整改；生态环境质量要持续稳定改善，到2025年，环境空气质量优良率稳步提升，力争实现大气主要污染物的达标，主要河流断面水质优III 类水体比例达75%左右；生态环境保护工作要继续走在全国前列，对照最高标准、最好水平，使上海市生态环境治理水平再上新台阶。
对中央生态环境保护督察组反馈提出的四大方面问题，分解成24项具体问题，形成中央生态环境保护督察反馈意见具体问题整改措施清单（20项）及污水排江问题专项督察反馈意见具体问题整改措施清单（4项），逐项明确牵头部门、责任部门、整改目标、整改时限、整改措施和责任分工，确定了五方面的重点措施。
一是提高站位，坚决扛起生态环境保护排头兵、先行者的政治责任。坚定践行习近平生态文明思想，牢固树立新发展理念，统筹推进经济高质量发展与生态环境高水平保护。压紧压实生态环境保护责任，出台我市《关于加快构建现代环境治理体系的实施意见》，加快构建党委领导、政府主导、企业主体、社会组织和公众共同参与的现代环境治理体系。健全完善生态环保督察机制，制定《上海市实施〈中央生态环境保护督察工作规定〉办法》，构建督察整改效果评价体系，完善整改项目验收、销项制度。
二是聚焦重点，坚决打赢打好污染防治攻坚战。坚决打赢蓝天保卫战，加快推进中小燃油燃气锅炉提标改造、工业炉窑大气污染综合治理和新一轮工业企业挥发性有机物（VOCs）深化治理工作，持续推进重点企业大气污染治理。着力打好碧水保卫战，深化河湖长制，2020年底全市河道基本消除劣V类水体，大力推进一批污水处理设施改造和建设工程，持续推进市政管网雨污混接改造，加大市政泵站截污改造力度，优化排水设施运行管理。扎实推进净土保卫战，完成全市土壤污染状况详查，深入开展农用地土壤污染防控，抓好建设用地土壤污染风险管控。做好生活垃圾分类工作，着力完善全程分类体系和末端分类处置设施，健全可回收物回收体系。加强重点区域环境综合整治，强化崇明生态岛环保监管力度，深入推进涉重金属企业规范化整治，积极开展道路交通噪声专项治理。
三是源头防控，全面推动高质量发展。实施空间分类管控，建立全域全要素国土空间管控体系，评估和优化生态保护红线，印发《上海市“三线一单”生态环境分区管控的实施意见》，加大长江岸线保护力度。优化调整产业结构，制定生态环境准入清单，推进传统产业绿色升级，提质升级现有循环化园区。优化调整能源结构，2020年煤炭消费总量较2015年下降5%以上，完善全市天然气“一张网”供应布局，有序推进风电、光伏等可再生能源建设。
四是以人为本，切实解决群众身边突出环境问题。加大信访交办件的核查和盯办力度，建立健全工作机制和责任落实体系，对存在问题和整改不到位的信访件，建立督办和盯办工作机制；对未办结的信访件，积极落实整改措施，做好群众的安抚和解释工作。着力解决历史遗留和老大难问题，认真排查污染严重和群众反映强烈的交通噪声问题，制定整改计划，有序推进整改；对非正规填埋场问题，落实风险管控等相关要求，确保不产生次生环境污染。
五是改革创新，持续提升环境治理能力和水平。加强环境执法监管，健全协调配合制度，加强对危险废物利用单位的监督管理，持续开展饮用水水源保护区的巡查检查。完善环境治理机制，建立以排污许可证为核心的污染防治管理体系，推进环评审批制度改革，落实完善生态环境损害赔偿、公益诉讼制度和企业环保信用评价制度。加强环境治理能力建设，建设全要素生态环境监测网络体系，全面推进生态环境“一网通办”“一网统管”，积极推行环境污染第三方治理。深化完善区域污染联防联控，制定《长三角生态绿色一体化发展示范区生态环境专项规划》，启动示范区“智慧环保”平台建设。
为保障整改工作顺利开展，《整改方案》明确了四个方面的保障措施。一是加强组织领导。市委、市政府成立上海市生态文明建设领导小组，承担生态环境保护督察工作领导小组职能，统筹领导整改工作，各区、各有关部门进一步健全整改工作组织领导体系，主要负责同志带头抓部署、抓协调、抓督办，形成一级抓一级、层层抓落实的工作推进格局。二是严格督察指导。上海市生态环境保护督察办公室建立月调度、季通报、年考核的工作制度，适时采取专项督察、明察暗访、第三方评估监督等措施，加强对整改工作的督导督办，推动问题逐项整改和销号。三是严肃责任追究。对督察组移交的责任追究问题，深入调查核实，厘清责任，严肃问责。加大对整改工作的责任追究力度，对整改不力、存在弄虚作假等行为的，依纪依规严肃追究相关单位和人员的责任。四是强化信息公开。及时宣传督察整改情况，主动接受监督，保障广大人民群众的知情权和参与权。对整改不力、问题突出的地区和部门，加大曝光力度，动员全社会参与和监督，形成整改合力。
上海市将进一步深入贯彻落实习近平总书记考察上海时对上海的殷切期望和对生态环境保护督察工作的重要指示精神，按照中央生态环境保护督察组的要求，统筹兼顾、实事求是地把整改任务落到实处。同时，以点带面、举一反三，注重解决深层次矛盾、结构性问题和体制机制性障碍，以生态环境保护促进高质量发展、创造高品质生活，不断满足市民日益增长的优美生态环境需要，早日建成令人向往的生态之城。